In 1941 wordt in Lublin het hoofdkwartier gevestigd van de Aktion Reinhardt: de moord op alle Joden in het Generalgouvernement (het deel van Polen dat door Duitsland is bezet, maar niet is geannexeerd). Vanuit Lublin en Berlijn worden de grootschalige massamoorden georganiseerd. De Joden van Lublin zelf worden in een getto gedwongen. Tijdens de liquidatie van dit getto in 1942 wordt de Joodse bevolking voor het grootste deel gedeporteerd naar Belzec en Sobibor.
Kamp Majdanek, dat aan de rand van de stad Lublin ligt, is een van de voornaamste plekken waar de zogenaamde Aktion Erntefest wordt uitgevoerd. Deze grootschalige massamoord op de overgebleven Joden van de werkkampen rondom Lublin vindt plaats op 3 november 1943 en is het slot van Aktion Reinhardt.