In 1942 beginnen de Duitsers met de aanleg van de Atlantikwall, een reeks van aaneengesloten verdedigingswerken om een eventuele landing van de geallieerden tegen te houden. Hiervoor moet de kuststrook ontruimd worden. Veel mensen worden gedwongen te evacueren en ook instellingen worden ontruimd. Het gaat in totaal om negen instellingen met ruim 6.000 patiënten.
Evacuatieplannen gaan in werking. De instellingen vinden in de eerste plaats gastvrijheid bij inrichtingen van dezelfde vereniging of levensovertuiging. De kinderen die kunnen, gaan zoveel mogelijk naar huis of naar familie.
In ’s Heeren Loo wordt ruimte gemaakt voor de Dr. Mr. Willem van den Berghstichting uit Noordwijk. Zij komen met 500 patiënten en 180 medewerkers en brengen hun eigen inventaris mee, hun eigen administratie en eigen keukengerei.
De gebouwen zijn overvol. Overal slapen mensen, ook op plekken die daar niet voor bestemd zijn; de gangen, de kerk, de school. Vanaf dan leven er veel mensen dicht op elkaar onder moeilijke omstandigheden. Hierdoor zijn ziekten als tuberculose, kinkhoest en difterie een terugkerend verschijnsel. Daarbij is er onrust door de overvliegende vliegtuigen en beschietingen en een gebrek aan medicijnen.
In oudejaarsnacht van 1942/1943 worden honderd Joodse patiënten van Oud-Rosenburg in Loosduinen op transport gesteld naar Westerbork. De geneesheer-directeur heeft te horen gekregen dat de patiënten tewerk zullen worden gesteld. Een arts waarschuwt de volgende dag een collega van Rhijngeest in Oegstgeest en adviseert hem de Joodse patiënten zo snel mogelijk te laten onderduiken.
Op 7 januari 1943 ontvangt de Willem Arntsz Stichting in Den Dolder van de Beauftragte van de Duitse Rijkscommissaris te Utrecht het verzoek opgave te doen van de Joodse patiënten. Geneesheer-directeur Engelhard weigert. Hem is gebleken, schrijft hij: “ (…) dat een groot aantal Joodsche patiënten uit de psychiatrische inrichting Rosenburg te Loosduinen zijn weggevoerd. Ik moet derhalve ernstig rekening houden met de mogelijkheid, dat de mededeling die ik doe, vroeg of laat zal leiden tot een dergelijke maatregel ook voor de Willem Arntsz Stichting. En het is op grond daarvan, dat ik ditmaal meen het antwoord te moeten schuldig blijven, zodat ik tot mijn leedwezen aan Uw verzoek niet kan voldoen. (…)”
Op 2 februari wordt hij met drie andere artsen gearresteerd en een maand gevangen gezet. Diezelfde dag wordt in de Willem Arntsz Stichting een razzia gehouden en worden zeventien Joodse patiënten weggevoerd. Twee andere artsen die weigeren inlichtingen te geven over Joodse patiënten worden mishandeld, gearresteerd en tien dagen gevangen gehouden.
Van 21 op 22 januari 1943 vindt de ontruiming plaats van het Apeldoornsche Bosch. Hauptsturmführer Aus der Fünten van de Zentralstelle für Jüdische Auswanderung heeft daarbij de leiding. Hij heeft steeds de Joodse Raad verzekerd dat deze instelling zal worden ontzien. Toch worden zwakzinnige kinderen, ernstig zieken en patiënten met onberekenbaar gedrag door elkaar in vrachtauto’s geladen naar de trein en verder. Naar Westerbork. Ten minste 869 patiënten, waarschijnlijk meer, en met hen 52 verplegenden. Onder al deze mensen zijn onderduikers die hoopten dat het Apeldoornsche Bosch veiliger was dan hun eigen woning.
Vervolgens komen andere Joodse instellingen aan de beurt.
Op 26 februari komen overvalwagens van de Sicherheitspolizei en vrijwillige hulppolitie de poort naar het Joodse ziekenhuis in Rotterdam ingereden. Na het ziekenhuis worden het weeshuis en het oudeliedenhuis in Rotterdam leeggehaald. In totaal 261 mensen worden afgevoerd.
Op 18 februari 1943 worden in Den Haag 693 mensen, zieken en patiënten en inwonend personeel van 43 kleine rusthuizen weggevoerd.
Om 9 uur ’s morgens op 3 maart staan overvalwagens voor de deur van het Nederlands-Israëlitisch Ziekenhuis in Amsterdam. Patiënten en de bewoners van het oudeliedengesticht worden meegenomen.
Op 8 april is het Goudse Centraal Tehuis voor invaliden aan de beurt.
Inspecteur Pameijer adviseert de directies om de patiënten zoveel mogelijk elders onder te brengen en te protesteren wanneer door of in opdracht van de Duitsers Joodse patiënten worden weggehaald. Hij adviseert het daarbij te laten omdat van werkelijk verzet geen heil kan worden verwacht.
Veel geneesheren-directeur weigeren namen van de patiënten te geven. Velen worden gearresteerd, evenals andere artsen, verpleegsters en administrateurs. Maar meestal vindt men de Joden toch, met hulp van plaatselijke politie of met ‘medewerking’ van mede-patiënten. Dit laatste gebeurt in Brinkgreven in Deventer, waar een ontoerekeningsvatbare Joodse patiënt chocola beloofd wordt.
Sommige inrichtingen weten hun patiënten lang te beschermen, zoals het Provinciaal Ziekenhuis in Medemblik. Maar ook hier kan openlijk verzet bij razzia’s arrestaties niet verhinderen. In maart 1944 worden zestien Joodse patiënten weggevoerd. Later worden drie medewerkers gefusilleerd.
Soms gaat een geneesheer-directeur overstag omdat hij Joodse patiënten die niet ingeschreven staan wil beschermen, of omdat gedreigd wordt een deel van het personeel te arresteren.
Maar hoe de instellingen zich ook verzetten, ernstig gestoorde psychiatrische patiënten en zwakzinnigen zijn moeilijk te verstoppen. Nagenoeg overal worden zij uiteindelijk opgespoord, naar Westerbork gebracht en in vernietigingskampen gedood.
29 maart 1943 staat in de kranten dat de Joden weg moeten uit de oostelijke provincies. Uiterlijk 10 april 12.00 uur moeten alle gezonde en valide Joden zich melden in het kamp Vught, zieken en invaliden moeten naar Westerbork. De gemeentepolitie ontvangt instructies over hoe te handelen bij voortvluchtige Joden en bij het opsporen van ondergedoken Joden. Voor vertrek moeten de Joden zich melden bij de commandant van politie en daar hun huissleutel inleveren.
De geneesheer-directeur van ’s Heeren Loo, dokter Dekker, de waarnemend directeur van de Willem van den Berghstichting en de directeur van Veldwijk, dokter Hamer, weigeren medewerking te verlenen.
De volgende dag brengen zij in spanning door, maar er gebeurt niets. De verpleging probeert mensen te verstoppen, maar de meeste patiënten worden gevonden en met een bus in een dag afgevoerd naar Westerbork.
In de paviljoenen waar de geëvacueerde instelling Vogelenzang gehuisvest is, wordt niet gezocht naar Joodse patiënten. Er worden ook geen vragen gesteld. Zo ontkomt een aantal Joodse patiënten.