Begin juli 1942 wordt Westerbork omgedoopt tot Judendurchgangslager (Doorgangskamp voor Joden). Het dient voortaan om Joden, Sinti en Roma naar het oosten te deporteren. Op 15 juli worden de eerste Joden op transport gesteld. Er volgen nog 92 transporten. De meeste gevangenen worden in Auschwitz-Birkenau en Sobibor vermoord.
In totaal heeft het kamp 101.525 Joodse gevangenen geherbergd, veruit de meesten niet langer dan enkele weken en sommigen zelfs maar enkele uren. Ruim tweehonderd Joden weten uit het kamp te ontsnappen.
Als op Dolle Dinsdag (4 september 1944) een voorbarige bevrijdingsroes over Nederland komt, zoeken veel NSB’ers in kamp Westerbork een veilig heenkomen. Na drie weken vertrekken ze weer: vrouwen en kinderen veelal naar Duitsland, mannen naar huis. Begin 1945 worden ongeveer 380 niet-Joodse, vrouwelijke politieke gevangenen in Westerbork gevangengezet.
Op 12 april 1945 treffen de Canadese bevrijders in het kamp nog circa 900 gevangenen aan.