Die Umstände im Lager Amersfoort sind besonders schlecht. Vor allem herrscht ein enormer Mangel an Nahrungsmitteln, auch weil die SS-Wachmänner viel von dem für die Häftlinge bestimmten Essen unterschlagen. Was folgt, ist, dass mit allen Mitteln nach Nahrungsmitteln gejagt wird: trotz der Drohung von schweren Strafen wird gestohlen aus der Küche, dem Schweinestall, den SS-Gärtnereien. Und von einander.
Lager Amersfoort wird in den ersten drei Monaten von 1943 geräumt. Sechshundert Häftlinge werden nach Deutschland deportiert, 2850 nach Vught überführt, manche woanders hin, wie Nico Peeters, der nach Haaren geht. In Amersfoort bleiben acht Häftlinge zurück im schwerbewaffneten Gefängnis des Lagers, dem Bunker.
Bis zur Räumung saßen circa 10.000 Menschen in Lager Amersfoort gefangen.
Da die Nazis immer mehr Menschen in den Niederlanden verhaften, wird es für sie notwendig, Lager Amersfoort wieder in Gebrauch zu nehmen. Das Lager wird auch drastisch erweitert. Am 17. Mai 1943 wird es unter dem Namen Erweitertes Polizeigefängnis wiedereröffnet.
Im zweiten Zeitraum wird der Durchstrom von Gefangenen viel größer. Bis Ende des Krieges halten sich in dieser Zeit circa 26.700 Häftlinge für kürzere oder längere Zeit im Lager auf. Mehr als 13.000 werden im Rahmen des Arbeitseinsatzes nach Deutschland überführt, 3.150 politische Häftlinge werden in Konzentrationslager deportiert. Die Umstände sind nach der Wiedereröffnung etwas besser.
Als die deutsche Lagerleitung sich aus dem Staub macht, wird das Lager am 19. April 1945 dem Roten Kreuz übergeben. Anfang Mai fahren kanadische Befreier in das Lager ein.
Von den Häftlingen aus Amersfoort sind circa 100 sowjetische Kriegsgefangene (vor allem aus Usbekistan) und eine unbekannte Anzahl von Menschen aus dem Widerstand erschossen worden.