Bij de Duitse inval van 10 mei 1940 wonen in België 65.000 à 70.000 Joden. Onder hen velen uit Oost-Europa en Duitsland. Vanaf de pogroms die eind negentiende eeuw de Joden in Oost-Europa teisteren, stromen Joodse vluchtelingen toe, het meest in Antwerpen. Ook de economische crisis van de jaren twintig en dertig van de twintigste eeuw drijven velen naar het Westen. Nadat in 1933 Hitler de macht heeft gegrepen en vooral na de Kristallnacht, vluchten tienduizenden Joodse Duitsers.

Vele vluchtelingen hopen de oversteek te maken naar de Verenigde Staten of Canada, maar stranden hier. Van de Joden in België hebben bij het begin van de oorlog slechts ongeveer 4.000 de Belgische nationaliteit.

Na de Duitse inval gaan vooral vanuit België duizenden Joden opnieuw op de vlucht. Ze hebben daarvoor meer gelegenheid dan de Joden in Nederland, omdat Nederland na het bombardement op Rotterdam al op 15 mei capituleert, terwijl België zich pas op 28 mei overgeeft. Sommigen weten naar Zwitserland of Noord-Amerika te ontkomen, maar vele Joden uit België worden in Frankrijk door het oorlogsverloop achterhaald. 5.034 van hen worden deporteerd, meestal via het beruchte concentratiekamp Drancy in Noord-Frankrijk naar Auschwitz. Van hen zijn er bij de bevrijding nog 317 in leven.

In oktober 1940 voert de bezetter de eerste anti-Joodse maatregelen door: Joden mogen bijvoorbeeld geen openbare ambten meer bekleden. Nog een hele reeks van maatregelen volgt, waardoor de Joden uit het economische, sociale en culturele leven worden geweerd. Ook worden ze in voorbereiding op de deportaties fysiek geïsoleerd in een steeds beperkter gebied: bepaalde provincies, bepaalde steden, bepaalde wijken.

Joden moeten zich ook als Jood laten registreren. Ambtenaren zijn de bezetter op dit punt behulpzaam. In België wordt een steekkaartensysteem ontwikkeld, waarin in 1942 55.670 Joden van 15 jaar en ouder geregisteerd staan. Met name in Antwerpen helpt de politie – net als in Nederland – als de deportaties daadwerkelijk beginnen, bij het oppakken van Joden.

Antwerpen beleeft op 14 april 1941 zijn eigen Kristallnacht. Op 6 april is de antisemitische propagandafilm Der Ewige Jude in première gegaan. Op 10 april gooien militanten van de nationaal-socialistische en uitgesproken antisemitische Volksverwering etalageramen van Joodse winkels in. Het is de inleiding op een week van anti-Joodse gewelddadigheden, met 14 april als dieptepunt.

Vanaf 29 juni 1941 moeten de Joden het stempel ‘JOOD-JUIF’ op hun identiteitskaart laten zetten, in mei en juni 1942 wordt de davidster ingevoerd. De Conferentie van Burgemeesters van het Arrondissement Brussel laat de Duitsers echter weten dat de gemeente-ambtenaren de gele sterren niet zullen distribueren. Ook andere gemeentelijke bestuurders werken niet mee.

Als vervolgens de deportatietreinen gaan rijden, blijkt dit belangrijke gevolgen te hebben. Het aantal vermoorde Joden uit België wordt geschat op 28.700, dat is circa 45% van hun totaal (Nederland ruim 80%). Er zijn grote verschillen tussen Antwerpen enerzijds en de drie andere steden waar Joden bijeen werden gedreven anderzijds. Vanuit Antwerpen werden ongeveer 67% van de Joden gedeporteerd, vanuit Brussel 37%, vanuit Luik 35% en vanuit Charleroi 42%.

Ruim 400 van de 600 Sinti en Roma in België zijn vermoord.