Frankrijk gaat er echter wel meteen toe over staatsburgers uit Duitsland en zijn vazalstaten te interneren. Onder hen circa 4.000 gevluchte Joden met de Duitse nationaliteit. Ook nazi-sympathisanten en Franse communisten worden gevangengezet. De laatsten omdat Duitsland een pakt met de Sovjet-Unie heeft gesloten (het Molotow-Ribbentrop-Pakt). Voor de internering worden o.a. vijftien kampen in zuid-Frankrijk gebruikt, die in 1939 zijn aangelegd voor vluchtelingen uit Spanje, waar Franco de burgeroorlog in zijn voordeel beslecht.
Frankrijk blijkt niet opgewassen tegen de Duitse legers. De Franse premier Reynaud wil de oorlog vanuit de Franse koloniën voortzetten, maar verliest de steun van de rechtse partijen. Op 16 juni 1940 volgt de 84-jarige maarschalk Philippe Pétain hem op. Al op 22 juni sluit Pétain een wapenstilstand met Duitsland, enkele dagen later gevolgd door een met Italië.
Pétain komt aan het hoofd te staan van een regering in Vichy, in midden-Frankrijk. Dit Vichy-regime regeert formeel over heel het land, maar heeft feitelijk alleen zeggenschap in het zuidoosten van het land, Parijs en de Franse koloniën. Het noorden en westen van Frankrijk is door de nazi’s bezet. Italië krijgt een kleine bezettingszone langs de zuidoostelijke grens. Elzas-Lotharingen wordt door Duitsland ingelijfd.
Het Vichy-regime collaboreert naar hartelust met de nazi’s. Najaar 1940 vaardigt het anti-Joodse wetten uit. Op 29 maart 1941 wordt een bureau voor ‘Joodse vraagstukken’ opgericht, het Commissariat Général aux Questions Juives (CGQJ). Dat heeft 2.500 medewerkers, inclusief een eigen anti-Joodse politie. De taak van het ‘commissariaat’ is de bijna 300.000 Joden in Frankrijk te identificeren, isoleren en interneren om ze daarna aan de nazi’s uit te leveren.
Op 14 mei 1941 geeft Vichy-regime het CGQJ opdracht buitenlandse (veelal gevluchte Duitse en Poolse) Joden te arresteren; 6.694 van hen zijn geregistreerd. Ze krijgen een oproep (“billet vert”, een groene convocatie) om zich te melden voor een “onderzoek van hun situatie”; 3.747 geven gehoor, menend dat het om een administratieve kwestie gaat; ze worden gearresteerd en in Pithiviers en Beaune-la-Rolande opgesloten. Beide kampen staan volledig onder Franse bewaking, Duitsers zijn er zelden te zien.
Vervolgens worden ook Joden met de Franse nationaliteit doelwit. De Franse autoriteiten vragen de Duitsers speciaal toestemming om ook kinderen te mogen oppakken.
Op 16 en 17 juli 1942 vinden grote razzia’s plaats, waarvoor het Vichy-regime ook de gewone politie inzet; alleen in Parijs al 7.000 man. Bij de razzia’s in Parijs en andere grote steden worden 13.152 Joden opgepakt, onder wie 4.115 kinderen. De meesten van hen worden eveneens in Pithiviers en Beaune-la-Rolande opgesloten. Veelal worden kinderen en ouders van elkaar gescheiden. Van de slachtoffers van deze razzia’s overleven minder dan 100 mensen. De jacht gaat daarna door.
Uiteindelijk worden ruim 75.000 Joden uit Frankrijk, de meesten uit grote steden, vermoord. De overgrote meerderheid op het platteland overleeft.
Van de circa 42.000 Sinti en Roma in Frankrijk worden er ongeveer 16.000 vermoord. Zo’n 6.000 Sinti en Roma worden naar concentratie- en vernietigingskampen in Duitsland en Polen gedeporteerd, anderen worden door SS- en Wehrmacht-eenheden geëxecuteerd of sterven in de kampen in Frankrijk.
Vele Roma en Sinti blijven ook na de bevrijding van Frankrijk gevangen zitten. Pas eind mei 1946 worden de laatsten vrijgelaten.