Er leven dan bijna 72.000 Joden in Griekenland.
In de Duitse bezettingszone ligt Saloniki, waar 43.000 Joden wonen. In februari 1943 worden zij in twee getto-achtige wijken van Saloniki samengedreven. Meer dan 40.000 van hen worden tussen 20 maart en 19 augustus 1943 naar Auschwitz-Bikenau gedeporteerd, waar ze bijna allen onmiddellijk door de SS worden vermoord.
In Haidara, een buitenwijk van Athene, openen de nazi’s in september 1943 een concentratiekamp. Ongeveer 5.000 Joden worden via dit kamp naar Auschwitz gedeporteerd. 1.800 politieke gevangenen worden ter plekke geëxecuteerd, duizenden anderen voor dwangarbeid naar Duitsland afgevoerd. In totaal hebben tot de sluiting van het kamp in september 1944 ongeveer 21.000 mensen in Haidara gevangengezeten, onder wie ook enkele duizenden Italiaanse krijgsgevangenen.
Bulgarije levert de circa 4.200 Joden in haar bezettingszone in maart 1943 uit aan de nazi’s. Ze worden naar Treblinka gedeporteerd en daar vermoord.
Net als in Italië zelf weigert de militaire top in de Italiaanse bezettingszone aan de Jodenvervolging mee te werken. Duizenden Joden vluchten vanuit de Duitse naar de Italiaanse zone. Als Italië zich op 8 september 1943 aan de geallieerden overgeeft, bezet Duitsland niet alleen Noord- en Midden-Italië, maar ook heel Griekenland. Bijna 5.000 Joden worden uit de vroegere Italiaanse bezettingszone worden naar Auschwitz-Birkenau gedeporteerd en daar bijna allemaal bij aankomst vermoord.
Als Roemenië op 23 augustus 1944 ‘overloopt’ van de Duitse naar de geallieerde kant en de Sovjet-Unie Bulgarije bezet, wordt de Duitse positie in Griekenland onhoudbaar.
Ongeveer 12.000 Griekse Joden overleven de Sjoa door onder te duiken of door zich aan te sluiten bij de Griekse partizanen.
De omvang van de vooroorlogse Sinti- en Roma-populatie in Griekenland is niet bekend, maar moet zeker tienduizenden hebben bedragen. Over hun lot onder de nazi-heerschappij bestaat eveneens veel onzekerheid. In 1942 worden meer dan 300 Sinti en Roma door Duitse troepen vermoord. In 1943 maken de nazi’s plannen voor de deportatie van alle Sinti en Roma naar Auschwitz, maar de Griekse aartsbisschop Damaskinos verzet zich daartegen. Daarop weigert de collaborerende Griekse regering onder premier Ioannis Rallis mee te werken.
Over sommige delen van Griekenland heeft deze regering echter niet de controle en er is weinig bekend over wat daar is gebeurd. Wel staat vast dat de Sinti en Roma in de stad Ioannina (nabij Albanië) zijn uitgemoord en dat anderen naar Auschwitz zijn gedeporteerd. Volgens getuigen zijn ook Sinti en Roma vermoord als represailles voor aanslagen door het Griekse verzet. Voor elke gedode Duitser werden 50 Sinti en Roma geëxecuteerd. Hoe vaak dit is gebeurd, is onbekend.