Begin april 1941 valt Duitsland Joegoslavië aan, samen met zijn bondgenoten Italië, Hongarije, Bulgarije en Roemenië. Joegoslavië wordt tussen de As-mogendheden opgedeeld, waarbij Bulgarije ondermeer Joegoslavisch Macedonië annexeert. Ook lijft Bulgarije een stuk van Griekenland in.

In het najaar van ’41 vaardigt Bulgarije anti-Joodse wetten uit in Macedonië. Zo worden bedrijven onteigend en komt er een speciale belasting op alle Joodse bezittingen. In Bitola, waar de grootste Macedonische populatie van Joden leeft (zij noemen de stad Monastir), wordt een getto gevormd.

Hoewel bondgenoot van Duitsland weigert Bulgarije Joden uit eigen land te deporteren, maar dat doet het wel met de Joden uit Macedonië en het geannexeerde deel van Griekenland. Op 11 maart 1943 vinden razzia’s plaats in Bitola/Monastir, Skopje en Stip, waarbij ruim 7.200 mensen worden opgepakt, die in grote tabakmagazijnen van het staatsbedrijf Monopol in Skopje worden opgesloten.

Enkelen weten uit ‘Monopol’ te ontsnappen, de meesten blijven enkele weken opgesloten onder erbarmelijke omstandigheden: kou en voedseltekort. Ook zijn verkrachtingen, mishandelingen en vernederingen er aan de orde van de dag.

Tussen 25 en 29 maart worden de Joden in drie transporten in vee- en goederenwagons naar Treblinka gebracht.

Een zeer klein aantal Macedonische Joden overleeft.

Onder de Sinti en Roma in Macedonië blijft het aantal slachtoffers beperkt. Velen weten de autoriteiten ervan te overtuigen dat zij Turks zijn of Albanese moslims. Anderen sluiten zich aan bij de partizanen. Enkele tientallen worden naar vernietigingskampen in Polen of dwangarbeidkampen gedeporteerd.