Albanië – en het door Albanië geannexeerde Kosovo – wordt in april 1939 door Italië onder de voet gelopen. Het land heeft een zeer kleine populatie Joden. Als in april 1941 Joegoslavië wordt aangevallen en opgedeeld door Duitsland en zijn bondgenoten, groeit de Joodse gemeenschap snel door de komst van ongeveer 1.000 vluchtelingen uit Macedonië, Servië, Duitsland, Oostenrijk en Polen. Zij vestigen zich vooral in Kosovo. Later in de oorlog komen daar nog zo’n 1.500 Joodse vluchtelingen bij.

Onder het Italiaanse regime bereikt de vervolging in Albanië nooit het niveau dat Joden ondervinden in door Duitsland bezette landen. Veel Albanezen helpen Joden door ze in bergdorpen te laten onderduiken of ze naar havens te brengen van waar ze naar Italië kunnen reizen. Er vinden echter ook een aantal roofmoorden op Joodse vluchtelingen plaats.

In 1941 worden 192 Joden gearresteerd, naar een concentratiekamp gebracht en vervolgens naar kampen in Italië. In januari 1942 wordt een aantal Joden in een kamp bij Pristina, de hoofdstad van Kosovo, geïnterneerd. Op 14 maart 1942 worden sommigen van hen overgedragen aan Duitse troepen. Ze worden gedeporteerd naar concentratiekamp Sajmište bij Belgrado en daar vermoord. Anderen worden naar een kamp in Berat overgebracht.

In Berat en kampen in Krujë en Kavajë worden in totaal ongeveer 500 Joden, samen met Serviërs, geïnterneerd. Ze blijven daar tot de Italiaanse capitualatie in september 1943. Alle kampen in Albanië worden dan geliquideerd, maar Duitse troepen bezetten vervolgens het land en proberen de Joden in Albanië en door Albanië gecontroleerde gebieden uit te moorden. Er vinden verscheidene transporten naar vernietigingskampen plaats, met name uit westelijk Macedonië. Italië had dat gebied bij de opdeling van Joegoslavië bezet, maar had de Joden er ongemoeid gelaten.

In november 1943 installeren de Duitsers een Albanese regering. Ze eisen een lijst van Joden, maar lokale autoriteiten weigeren dat en verschaffen Joden zelfs valse papieren. De minister van Binnenlandse Zaken in de nieuwe Albanese regering, de Kosovaar Xhafer Deva, heeft echter andere plannen. Hij richt een islamitische organisatie op voor een jihad (heilige oorlog) tegen Slaven, Sinti, Roma en Joden. De slecht getrainde leden van deze organisatie worden fel en succesvol door partizanen bestreden. Vervolgens, in mei 1944, recruteert Deva Kosovaarse Albanezen voor een Albanese Waffen-SS. Deze SS-divisie van 6.500 man draagt weinig tot niets bij aan de Duitse oorlogsinspanningen, maar trekt moordend, verkrachtend en rovend door gebieden waar vooral Serviërs wonen.

Op 24 mei 1944 overvalt een afdeling van de divisie de huizen van Joden in Pristina. 281 Joden, zowel Albanese als vluchtelingen van elders, worden gearresteerd en aan de Duitsers overgedragen. 249 van hen worden naar Bergen-Belsen gedeporteerd en daar vermoord.

In oktober en november veroveren Joegoslavische en Albanese partizanen, met troepen van het nieuwe anti-fascistische Bulgaarse regime en hulp van zowel de Westerse geallieerden als de Sovjet-Unie, Kosovo. Dat gebied wordt onderdeel van het nieuwe Joegoslavië.In Albanië zelf zegevieren de communistische partizanen van Enver Hoxha, die op 28 november 1944 aan de macht komt. De terugtrekkende Duitse troepen hebben Albanese collaborateurs geholpen te vluchten, maar velen is dat niet gelukt. Zij worden meestal meteen na hun gevangenneming door de partizanen geëxecuteerd.

In totaal zijn bijna 1.000 Joden uit Albanië, Kosovo en door Albanië gecontroleerde gebieden vermoord. Aan het eind van de oorlog leven er nog ongeveer 1.800. Na de oorlog zijn de meesten naar Israël geëmigreerd, zo’n 1.500 toen Hoxha alle religies verbood. Na de val van het communistisch regime in 1990 en een uitbarsting van politiek geweld in 1997 zijn nagenoeg alle overige, ruim 400 Joden uit Albanië hen gevolgd.

Volgens sommige bronnen zijn bijna uitsluitend Joden het slachtoffer geworden van de vervolging in Albanië, volgens andere zijn wel degelijk ook ‘duizenden’ Albanese Sinti en Roma vermoord.