In de Eerste Wereldoorlog strijdt Bulgarije aan de verliezende kant van de Centrale Mogendheden (het Duitse Rijk, Oostenrijk-Hongarije en het Ottomaanse Rijk). Dat komt het land op het verlies te staan van Macedonië (dat tot de nieuwe staat Joegoslavië gaat behoren) en Thracië (dat het aan Griekenland moet afstaan). Ook mag Bulgarije over een leger van niet meer dan 20.000 man beschikken. Dat leidt ertoe dat koning Ferdinand moet aftreden en zijn zoon op de troon komt, die zich tsaar Boris III laat noemen.

Boris III grijpt in 1935 de vrijwel absolute macht. In de hoop de uitkomst van de Eerste Wereldoorlog ongedaan te maken, verbindt hij zich in toenemende mate met nazi-Duitsland. De beperking van de omvang van het Bulgaarse leger lapt hij aan zijn laars.

Begin maart 1941 sluit Bulgarije zich officieel bij de As-mogendheden aan en een maand later doet Bulgarije mee met de aanval van Duitsland op Joegoslavië. Bulgarije bezet Grieks Thracië, Joegoslavisch Macedonië en een oostelijk deel van Servië.

Bulgarije heeft in juli 1940 anti-Joodse wetgeving gekregen (Sinti en Roma vallen niet onder deze wetten), maar levert de circa 50.000 Joden in het land zelf niet uit aan de nazi’s. Dat doet ze wel met de Joden in de gebieden die het bezet heeft. Daarvoor wordt een Commissariaat voor Joodse Aangelegenheden in het leven geroepen. In maart 1943 arresteren Bulgaarse politie- en legereenheden nagenoeg alle Joden die daar wonen. Ruim 7.000 Macedonische Joden worden in een doorgangskamp in Skopje opgesloten en vervolgens gedeporteerd. De ruim 4.000 Joden in Grieks Thracië worden vrijwel meteen aan de nazi’s uitgeleverd. In totaal deporteert Bulgarije circa 12.000 Joden, die vrijwel allemaal in Treblinka worden vermoord.

Bulgarije heeft Adolf Eichmann toegezegd ook 8.000 Joden uit zijn hoofdstad Sofia te zullen deporteren. Maar als het nieuws over de deportaties uit de bezette gebieden en de op handen zijnde deportaties uit Sofia bekend wordt, leidt dat tot openlijke protesten van politici van de oppositie, intellectuelen en geestelijken. Tsaar Boris wil de plannen toch doorzetten, maar laat zich uiteindelijk ogenschijnlijk overtuigen door een prominent lid van zijn regerende partij, de vice-voorzitter van het parlement Dimitur Pešev.

Als Pešev echter een resolutie aan het parlement voorlegt om de deportaties een halt toe te roepen, wordt zijn voorstel weggestemd en wordt hij kort daarop gedwongen af te treden.

Bulgarije hervat de voorbereidingen van de deportaties, maar steeds luidere protesten daartegen dwingen de tsaar de deportaties af te blazen. Wel worden 20.000 Joden uit Sofia naar het platteland verbannen, worden de meeste van hun bezittingen geconfisqueerd en worden Joodse mannen naar dwangarbeidkampen gestuurd.

Bulgarije heeft niet aan de oorlog tegen de Sovjet-Unie meegedaan en is er diplomatieke relaties mee blijven onderhouden, maar de Sovjet-Unie verklaart het land in augustus ’44 de oorlog. Op 28 augustus overlijdt Boris onverwacht en in september grijpen militairen de macht. Het militaire bewind begint vredesbesprekingen met de Sovjet-Unie en verklaart Duitsland in oktober ’44 de oorlog.

Bij het eind van de oorlog is de Joodse populatie van Bulgarije nog steeds ongeveer 50.000, maar in 1948 zijn 35.000 van hen geëmigreerd naar het Britse mandaatgebied Palestina, waarvan een deel in 1948 de staat Israël wordt. In 1950 zijn ook de meeste andere Joden geëmigreerd.

Uit de door Bulgarije geannexeerde gebieden worden enkele tientallen Sinti en Roma gedeporteerd, die bijna allemaal in Treblinka worden vermoord. Vele Sinti en Roma in het door Bulgarije geannexeerde deel van Macedonië weten de autoriteiten ervan te overtuigen dat zij Turks zijn of Albanese moslims.