Estland wordt in juni 1940 door de Sovjet-Unie bezet en in augustus van dat jaar geannexeerd. Er wonen dan circa 4.00 Joden, van wie bijna de helft in de hoofdstad Tallinn. De Sovjet-autoriteiten ontbinden de Joodse instellingen en deporteren zo’n 10% van de Joodse bevolking naar Siberië, samen met andere Esten.

Na de Duitse invasie van de Sovjet-Unie in de zomer van ’41 wordt Estland door de nazi’s bezet. Circa 3.500 Joden vluchten dan naar de Sovjet-Unie. De 1.000 achterblijvers worden nog voor het eind van het jaar vermoord door een Einsatzgruppe en Estse collaborateurs. Dat lot treft ook honderden Sinti en Roma, alsmede 7.000 andere Esten die van communistische sympathieën worden verdacht of familie zijn van mensen met mogelijk communistische sympathieën.

Vanaf midden 1943 worden ten minste 20.000 Joden uit andere landen (vooral Letland, Polen, Hongarije en Tsjechië) naar werkkampen in Estland gedeporteerd. Het hoofdkamp wordt Vaivara, dat in augustus 1943 in gebruik wordt genomen. Hieraan worden ruim veertig andere kampen verbonden, vooral werkkampen voor de bouw van militaire verdedigingswerken en het winnen van olie uit gesteente (schalie-olie). Daarnaast is er een concentratie- en vernietigingskamp: Kalevi Liiva, waar circa 5.000 mensen zijn vermoord, van wie ongeveer de helft Joden, vooral uit Tsjechië.

Bij de nadering van het Sovjet-leger in het najaar van 1944 worden de kampen in Estland geëvacueerd. Een klein aantal Joden wordt per schip naar Stutthof vervoerd, enkele duizenden op dodenmarsen langs de kust van de Baltische Zee (Oostzee) gestuurd.

In september 1944 wordt Estland andermaal door de Sovjet-Unie ingelijfd. Veel van de eerder gevluchte Joden keren dan terug.

De nazi’s hebben in Estland ten minste 33.500 mensen vermoord: 1.000 Estse Joden, circa 800 Estse Sinti en Roma, 7.000 andere Esten, 10.000 Joden uit andere landen en 15.000 Sovjet-krijgsgevangenen. Het aantal vermoorde Sovjet-krijgsgevangenen is mogelijk aanzienlijk hoger (25.000 of meer).