In Estland worden meteen na de Duitse invasie Sinti en Roma doodgeschoten door Estse politie-eenheden. Systematische vervolging blijft echter nog een tijd uit. De bezetter heeft geen samenhangend beleid. Het Reichsicherheitshauptamt *, het Reichsministerium für die besetzten Ostgebiete en de Wehrmacht geven tegenstrijdige bevelen over de manier waarop de Sinti en Roma moeten worden aangepakt. Daardoor overleeft de meerderheid van de Estse Sinti en Roma nog tot de herfst van 1943.
In de winter van 1941-’42 krijgt de Estse politie al wel opdracht van het Duitse gezag om de Sinti en Roma te registreren en wordt een aantal gedeporteerd naar een concentratiekamp in de buurt van de hoofdstad Tallinn. In de zomer van 1942 worden nagenoeg alle Sinti en Roma naar dwangarbeiderskampen gedeporteerd. In oktober ’42 vinden de eerste executies plaats, waarbij zo’n 250 Sinti en Roma worden vermoord.
In januari en februari 1943 worden bijna alle resterende Sinti en Roma naar het concentratiekamp bij Tallinn gedeporteerd. Begin oktober ’43, als Sovjet-troepen Estland naderen, worden ze daar door de Sicherheitspolizei vermoord.
Van de ongeveer 850 Estse Sinti en Roma overleven slechts enkele tientallen.
In Letland begint de systematische uitroeiing van Sinti en Roma op 4 december 1941. Dan worden zo’n honderd Sinti en Roma in Liepaja, de derde stad van Letland, door de Ordnungspolizei doodgeschoten. De Reichskommissar Ostland, Hinrich Lohse, laat daarop weten dat “zigeuners (…) die rondreizen (…) op dezelfde manier moeten worden behandeld als de Joden”. Wat hij precies bedoelt is onduidelijk. De Sicherheitspolizei gaat ervanuit dat Sinti en Roma met een vaste verblijfplaats niet opgepakt hoeven te worden; de Ordnungspolizei meent dat alle Sinti en Roma moeten worden opgepakt en gaat daarmee begin ’42 voortvarend te werk, totdat het hoofd ervan in maart besluit dat alleen rondreizende Sinti en Roma moeten worden opgepakt en vermoord. Hoewel de politiediensten zich hier niet precies aan houden, overleven door dit besluit ongeveer de helft van de circa 4.000 Estse Sinti en Roma.
Van de ongeveer 1.000 Sinti en Roma in Litouwen heeft niemand of bijna niemand overleefd. Bij gebrek aan overlevende getuigen en doordat Litouwen en de Sovjet-Unie (waarbij Litouwen in de zomer van 1944 weer werd ingelijfd) er geen onderzoek naar hebben laten doen, is over de toedracht van de genocide op de Litouwse Sinti en Roma nauwelijks iets bekend.
* Het Reichssicherheitshauptamt (RSHA) was de overkoepelende veiligheidsdienst van het Derde Rijk, opgericht door Heinrich Himmler in december 1939. Het was een samenwerkingsverband van de Sicherheitsdienst, de Gestapo en de Kriminalpolizei.
