Al in juli komen de eerste krijgsgevangen aan, begin november is hun aantal tot 21.000 opgelopen. Ze vegeteren in zelfgegraven kuilen, provisorische tentjes en hutjes van takken en bladeren. Ziekte en dood grijpen snel om zich heen. Drie- tot vijfhonderd Joodse soldaten en politieke functionarissen uit het Sovjet-leger worden naar Sachsenhausen afgevoerd en daar vermoord. Enkele duizenden krijgsgevangenen worden in Arbeitskommandos ingezet, maar ook de meeste van hen worden doodziek.
Als tegen de winter wordt begonnen met de bouw van barakken breekt in Bergen-Belsen vlektyfus uit. Het dodencijfer loopt op tot een paar honderd per dag. Door kou, honger, ziekte en mishandelingen zijn naar schatting 20.000 Sovjet-krijgsgevangenen in het kamp gestorven. Sommige Sovjet-bronnen spreken zelfs van 50.000 slachtoffers.
Er zijn nog hooguit een paar duizend krijgsgevangenen in het kamp als het in april 1943 wordt omgevormd tot Aufenthaltslager van de SS. Het kamp komt uit vijf deelkampen te bestaan, waarin een kleine tienduizend mensen worden opgesloten die tot bepaalde groepen behoren, zoals ‘doorgangsgevangenen’, Joden uit neutrale landen, Joden uit Hongarije en Joden met bijzondere papieren, de meesten uit Zuid-Amerika.
In maart 1944 wordt Bergen-Belsen een concentratiekamp voor grote aantallen Joden, in eerste instantie vooral mensen die te ziek en uitgeput zijn om nog dwangarbeid te kunnen verrichten. Ziekte, ondervoeding en uitputting eisen in het overbevolkte kamp een steeds hogere tol als vanaf oktober 1944 tienduizenden gevangenen toestromen, die vanwege de Russische opmars uit kampen in het oosten zijn geëvacueerd. Alleen al in de eerste vier maanden van 1945 sterven in Bergen-Belsen ongeveer 35.000 mensen. Onder hen, ten gevolge van tyfus, Anne Frank en haar zus Margot, die in augustus 1944 met hun familie op hun Amsterdamse onderduikadres zijn ontdekt, naar Auschwitz zijn gedeporteerd en van daar eind 1944 naar Bergen-Belsen.
Op 15 april 1945 wordt het kamp door de Britten bevrijd. Ze treffen massagraven aan en duizenden onbegraven lichamen, naast 60.000 overlevenden, van wie er in de weken daarna nog bijna 14.000 bezwijken.