Bereits im Juli kommen die ersten Kriegsgefangenen an, Anfang November ist ihre Anzahl auf 21.000 gestiegen. Sie vegetieren in selbst gegrabenen Gruben, in kleinen provisorischen Zelten und Hütten aus Blättern und Zweigen. Krankheit und Tod greifen bald um sich. Einige Tausende Kriegsgefangene werden in Arbeitskommandos eingesetzt, aber auch die meisten von ihnen werden todkrank.
Als kurz vor dem Winter mit dem Bau von Baracken begonnen wird, bricht in Bergen-Belsen Flecktyphus aus. Die Totenzahl steigt auf bis zu einigen Hundert pro Tag. Nach Schätzung sind mindestens 20.000 sowjetische Kriegsgefangene im Lager gestorben.
Im März 1944 wird Bergen-Belsen ein Konzentrationslager für eine große Anzahl von Juden. Krankheit, Unterernährung und Erschöpfung fordern im überbevölkerten Lager einen immer höheren Zoll, als ab Oktober 1944 zehntausende Häftlinge zuströmen, die wegen des russischen Aufmarsches aus Lagern im Osten evakuiert wurden. Allein schon in den ersten vier Monaten des Jahres 1945 sterben in Bergen-Belsen ungefähr 35.000 Menschen, unter ihnen Anne Frank und ihre Schwester Margot.
Am 15. April 1945 wird das Lager durch die Briten befreit. Sie fanden Massengräber und Tausende von unbeerdigten Leichen vor, neben 60.000 Überlebenden, von denen in den Wochen danach noch fast 14.000 sterben.